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R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界

这篇文章将为大家详细讲解有关R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

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 用R语言的pheatmap 包画热图可以给行或者列添加注释,比如添加个分组信息

示例代码

test = matrix(rnorm(200), 20, 10)
test[1:10, seq(1, 10, 2)] = test[1:10, seq(1, 10, 2)] + 3
test[11:20, seq(2, 10, 2)] = test[11:20, seq(2, 10, 2)] + 2
test[15:20, seq(2, 10, 2)] = test[15:20, seq(2, 10, 2)] + 4
colnames(test) = paste("Test", 1:10, sep = "")
rownames(test) = paste("Gene", 1:20, sep = "")

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)
library(pheatmap)
pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)
 
R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界  
image.png

但是如果添加多组注释信息的话,他的图例是从上到下依次排列,如果太多图例就会超过绘图边界,比如

annotation_col<-data.frame(group=factor(c(rep("A",5),rep("B",5))),
                          group_1=factor(LETTERS[1:10]),
                          group_2=factor(letters[1:10]),
                          group_3=factor(rep(c("CT1","CT2"),5)))
rownames(annotation_col)<-paste0("Test",1:10)

pheatmap(test,cluster_rows = F,cluster_cols = F,
        annotation_col = annotation_col)
 
R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界  
image.png

我有四个图例需要展示,但是这张图只出现了3个

当然可以通过增加图片的高度让第四个图例显示出来R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界

但是如果注释信息再多也不能够一直拉长图片高度呀! 

有一个办法是更改图例的大小,但是没有找到参数来调节。 

还有一个办法是:现在图例的单列,能不能改为多列显示?也没有找到参数调节

还有一个办法是不用这个函数了,换ComplexHeatmap包中的Heatmap函数 示例代码

mat = matrix(rnorm(100), 10)
rownames(mat) = paste0("R", 1:10)
colnames(mat) = paste0("C", 1:10)
library(ComplexHeatmap)
Heatmap(mat)
column_ha = HeatmapAnnotation(foo1 = runif(10),
                             foo2=rep(c("A","B"),5),
                             foo3=rep(letters[1:5],2),
                             foo4=LETTERS[1:10],
                             foo5=letters[1:10],
                             foo6=LETTERS[1:10])
column_ha
Heatmap(mat,top_annotation = column_ha,
       cluster_columns = F,
       cluster_rows = F)
 

R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界

他的图例自动就换为两列了

关于“R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。


新闻标题:R语言画热图时如何实现图例legend过多超出画图边界
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