从品牌网站建设到网络营销策划,从策略到执行的一站式服务
今天就跟大家聊聊有关单细胞转录组中的pseudotime是什么,可能很多人都不太了解,为了让大家更加了解,小编给大家总结了以下内容,希望大家根据这篇文章可以有所收获。
创新互联专注于日土网站建设服务及定制,我们拥有丰富的企业做网站经验。 热诚为您提供日土营销型网站建设,日土网站制作、日土网页设计、日土网站官网定制、小程序设计服务,打造日土网络公司原创品牌,更为您提供日土网站排名全网营销落地服务。
对于单细胞转录组数据,通过聚类分析,我们可以得到细胞亚型,再通过差异分析,可以得到不同细胞亚型的marker
基因,结合下游的功能分析,可以让我们对细胞类型和功能有更进一步的认识。
以上这些就是单细胞转录组的基础分析内容,对于识别到的细胞亚型,我们可以进一步研究不同亚型之间的分化和演变的过程。在生物体内,细胞的分化是一个动态过程,会受到到细胞间相互作用,生物分子调控等多种因素的影响,而且每个细胞分化的过程是不同步的,如果将细胞的分化看做一个爬楼梯的过程,同一时间,每个细胞所处的楼层是不同的。
将细胞分化过程看做一条时间线,研究确定每个细胞在该时间线上的位置,就是所谓的pseudotime
分析,也称之拟时分析,或者细胞轨迹cell trajectory
分析。
通过测序我们得到了基因在不同细胞中的表达量数据,后续也是基于表达量的数据去进行拟时分析,通常包含以下3个步骤
基因的选取对于后续分析是非常关键的,不同的基因集会得到完全不同的结果。从定量结果中,可以看到许多基因表达量非常的低,这其中有一部分就是背景噪音,在后续分析时是需要去除的,另外,为了提高分析结果的准确性,我们需要选择有生物学意义的基因,比如marker基因来进行后续的分析。
基因的表达量是一个高维的数据结构,直接基于这样的数据去分析是非常复杂和繁琐的,运算量非常的大,所以需要先降维处理。
细胞分化过程和物种进化类似,都是一个树状结构,首先根据表达量的分布构建一个最佳的树状结构,然后确定每个细胞在该树状结构中的位置。
典型的拟时分析的结果示意如下
用一张2D-plot来展示细胞轨迹,所以在分过程中需要降维,图中每个点代表一个细胞,细胞后面的树状结构就是细胞分化的树状结构。
得到了细胞的pseudotime
之后,我们可以根据pseudotime
来进行差异分析,探索细胞分化过程中的重要基因,示意如下
最后可以结合功能富集分析和基因相互作用分析,来挖掘重要的功能基因。
看完上述内容,你们对单细胞转录组中的pseudotime是什么有进一步的了解吗?如果还想了解更多知识或者相关内容,请关注创新互联行业资讯频道,感谢大家的支持。
成都网站建设公司地址:成都市青羊区太升南路288号锦天国际A座10层 建设咨询028-86922220
成都快上网科技有限公司-四川网站建设设计公司 | 蜀ICP备19037934号 Copyright 2020,ALL Rights Reserved cdkjz.cn | 成都网站建设 | © Copyright 2020版权所有.
专家团队为您提供成都网站建设,成都网站设计,成都品牌网站设计,成都营销型网站制作等服务,成都建网站就找快上网! | 成都网站建设哪家好? | 网站建设地图