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R语言在使用 install.packages()安装package的时候，默认会在官方的源（https://cran.rstudio.com/）搜索R包，然后下载到你的电脑或者服务器上。但是官方的源并不在中国，下载速度往往会受到很大的限制，因此当我们安装好R之后，第一步就应该是把R的安装源修改为国内的源（也称镜像，Mirror）。
如果你使用的是有图形界面的RGui，选择
Packages --> Set CRAN mirror --> China (Guangzhou)如果你使用的是Rstudio，选择
Tools --> Global options --> Packages
也可以输入以下代码（适合不带图形界面的R），直接修改
options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))
通过 getOption("repos") 命令可以知道目前的镜像网站是哪里的绝大部分的生物信息相关的R包（如DESeq2, limma, clusterProfiler）都在 bioconductor，并不在官方的源里面，所以通过 install.packages() 命令会找不到对应的R包。得使用如下命令安装：
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")BiocManager::install("DESeq2") 同样，使用option命令修改bioconductor的源为国内源，就再也不用忍受bioconductor 的龟速了，代码如下：options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
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