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CNCI工具有什么用

这篇文章将为大家详细讲解有关CNCI工具有什么用,小编觉得挺实用的,因此分享给大家做个参考,希望大家阅读完这篇文章后可以有所收获。

创新互联公司成立以来不断整合自身及行业资源、不断突破观念以使企业策略得到完善和成熟,建立了一套“以技术为基点,以客户需求中心、市场为导向”的快速反应体系。对公司的主营项目,如中高端企业网站企划 / 设计、行业 / 企业门户设计推广、行业门户平台运营、重庆APP开发成都做手机网站、微信网站制作、软件开发、多线服务器托管等实行标准化操作,让客户可以直观的预知到从创新互联公司可以获得的服务效果。

CPC是一款使用率非常高的lncRNA预测软件,但是它也存在一些问题。利用二代测序得到的转录组数据,我们组装得到的转录本往往是不完整的,基于非全长的转录本去预测lncRNA,如果这个lncRNA和蛋白编码基因存在overlap,那么很容易造成误判;其次对于没有物种注释的物种,其效果也很差。

为了克服上述问题,研究人员开发出了一款新的工具CNCI, 和CPC不同,该软件基于三联体碱基的构成来区分coding和noncoding转录本,论文发表在Nucleic Acids Research上,网址如下

https://academic.oup.com/nar/article/41/17/e166/2411728

三联体碱基指的就是三个连续的碱基,和密码子类似,称之为ANT, 该软件利用人和小鼠的转录本数据,构建了一个支持向量机的模型,用于对脊椎动物进行分类,示意如下

CNCI工具有什么用

对于不同长度的转录本序列,和其他软件的性能比较如下

CNCI工具有什么用

可以看到CNCI在各个长度区间性能都比较好。该软件的源代码保存在github上,网址如下

https://github.com/www-bioinfo-org/CNCI

安装方式如下

git clone git@github.com:www-bioinfo-org/CNCI.git
cd CNCI
unzip libsvm-3.0.zip
cd libsvm-3.0
make

CNCI的执行脚本是采用python开发的,直接用就可以的,但是该软件依赖libsvm, 所以需要安装这个库文件。基本用法如下

python CNCI.py \
-f transcript.fasta \
-o test \
-m ve \
-p 8 \

-f指定转录本序列文件,可以是fasta格式,也可以是gtf格式,如果是gtf格式,需要同时指定-g-d参数;-p参数指定并行的CPU个数;-m指定使用的模型,ve代表脊椎动
物,p代表植物;-o指定输出结果的目录。

在结果目录下,有一个名为CNCI.index的文件,内容示意如下

CNCI工具有什么用

第二列表明转录本的分类结果。更多用法和详细信息请参考官方文档。

关于“CNCI工具有什么用”这篇文章就分享到这里了,希望以上内容可以对大家有一定的帮助,使各位可以学到更多知识,如果觉得文章不错,请把它分享出去让更多的人看到。


网页题目:CNCI工具有什么用
当前路径:http://www.cdkjz.cn/article/iigjss.html
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