双序列比对java代码,双序列比对java代码编程

java 两个Map进行比较

跟你说下思路：

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第一步，循环Map1的key，取得key；

第二部，根据key取得对应的List；

第三部，循环List，取出List中的每一项SoftWare跟另外一个Map比较。

如果另外一个Map中没有则创建一个LIst，并加入到该List中，最后将该List放入Map3中。

代码：

import java.util.*;

public class Test2

{

public static void main(String[] args)

{

MapString,ListSoftWare map1 = new HashMapString,ListSoftWare();

MapString,ListSoftWare map2 = new HashMapString,ListSoftWare();

MapString,ListSoftWare map3 = new HashMapString,ListSoftWare();

ListSoftWare list1 = new ArrayListSoftWare();

list1.add(new SoftWare(""));

list1.add(new SoftWare(""));

list1.add(new SoftWare(""));

map1.put("Type1",list1);

ListSoftWare list2 = new ArrayListSoftWare();

list2.add(new SoftWare(""));

list2.add(new SoftWare(""));

list2.add(new SoftWare(""));

map2.put("Type1",list2);

for (IteratorString it=map1.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map1.get(key);

ListSoftWare list3 = new ArrayListSoftWare();

for (SoftWare sw : list)

{

if (!IsInMap(sw,map2))

{

list3.add(sw);

}

}

if (list3.size() 0)

{

map3.put(key,list3);

}

}

System.out.println("downloadLink不一致的元素：");

for (IteratorString it=map3.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map3.get(key);

System.out.println("软件类型：" + key);

System.out.println("该软件类型下的软件：");

for (SoftWare sw : list)

{

System.out.println(sw.getDownloadLink());

}

}

}

public static boolean IsInMap(SoftWare sw,MapString,ListSoftWare map) {

for (IteratorString it=map.keySet().iterator();it.hasNext() ; )

{

String key = it.next();

ListSoftWare list = map.get(key);

for (SoftWare sws : list)

{

if (sws.getDownloadLink().equals(sw.getDownloadLink()))

{

return true;

}

}

}

return false;

}

}

class SoftWare

{

private String downloadLink;

public void setDownloadLink(String downloadLink) {

this.downloadLink = downloadLink;

}

public String getDownloadLink() {

return this.downloadLink;

}

SoftWare(String downloadLink) {

this.downloadLink = downloadLink;

}

SoftWare() {

}

}

Java中的compareTo()函数是怎么用的？

compareTo() 方法用于将 Number 对象与方法的参数进行比较。可用于比较 Byte, Long, Integer等。该方法用于两个相同数据类型的比较，两个不同类型的数据不能用此方法来比较。

语法

public int compareTo( NumberSubClass referenceName )

参数

referenceName -- 可以是一个 Byte, Double, Integer, Float, Long 或 Short 类型的参数。

返回值

1、如果指定的数与参数相等返回0。

2、如果指定的数小于参数返回 -1。

3、如果指定的数大于参数返回 1。

Java中的compareTo()函数用法比较另一个函数字符：public int compareTo(String anotherString)

按字典顺序比较两个字符串。该比较基于字符串中各个字符的 Unicode 值。将此 String 对象表示的字符序列与参数字符串所表示的字符序列进行比较。如果按字典顺序此 String 对象在参数字符串之前，则比较结果为一个负整数。

如果按字典顺序此 String 对象位于参数字符串之后，则比较结果为一个正整数。如果这两个字符串相等，则结果为 0；compareTo 只有在方法 equals(Object) 返回 true 时才返回 0。 

这是字典排序的定义。如果这两个字符串不同，则要么它们在某个索引处具有不同的字符，该索引对二者均为有效索引，要么它们的长度不同，或者同时具备上述两种情况。

如果它们在一个或多个索引位置上具有不同的字符，假设 k 是这类索引的最小值；则按照 运算符确定的那个字符串在位置 k 上具有较小的值，其字典顺序在其他字符串之前。

这种情况下，compareTo 返回这两个字符串在位置 k 处的两个不同的 char 值，即值： 

this.charAt(k)-anotherString.charAt(k) 

如果它们没有不同的索引位置，则较短字符串在字典顺序上位于较长字符串的前面。这种情况下，compareTo 返回这两个字符串长度的不同，即值： 

this.length()-anotherString.length() 

指定者： 接口 ComparableString 中的 compareTo 

参数： anotherString - 要比较的 String。

返回： 如果参数字符串等于此字符串，则返回 0 值；如果按字典顺序此字符串小于字符串参数，则返回一个小于 0 的值；如果按字典顺序此字符串大于字符串参数，则返回一个大于 0 的值。

扩展资料：

compareTo就是比较两个值，如果前者大于后者，返回1，等于返回0，小于返回-1，我下面给出了例子，由于比较的变量我用的是int，int型可以直接比较，所有没有用到compareTo比较，如果声明的是Date、String、Integer或者其他的，可以直接使用compareTo比较，比如以下函数代码用法：

public int compareTo(TestModel1 o) {

return this.str1.compareTo(o.str1);

}

1.当两个比较的字符串是英文且长度不等时，

1）长度短的与长度长的字符一样，则返回的结果是两个长度相减的值

a="hello";

b="hell";

num=1;

或者

a="h";

b="hello";

num=4;

2)长度不一样且前几个字符也不一样,从第一位开始找，当找到不一样的字符时，则返回的值是这两个字符比较的值

a="assdf";

b="bdd";

num=-1;

2.当两个比较的字符串是英文且长度相等时，

1)一个字符

a="a";   //97

b="b";   //98

num=-1;

2）多个字符,第一个字符不同则直接比较第一个字符

a="ah";    //a=97

b="eg";    //e=101

num=-4

3）多个字符,第一个字符相同则直接比较第二个字符,以此类推

a="ae";   //e=101

b="aa";   //a=97

num=4;

参考资料：百度百科-compareTo

JAVA里面，怎样找出两个list中相同的元素，

循环取出list1的元素，然后循环和list2中的元素进行比较，如果相等就输出该元素。代码如下：

import java.util.ArrayList;

import java.util.List;

public class Test {

public static void main(String[] args) {

ListInteger list1 = new ArrayListInteger();

ListInteger list2 = new ArrayListInteger();

list1.add(2);

list1.add(3);

list1.add(5);

list2.add(2);

list2.add(5);

list2.add(6);

list2.add(8);

for(int i = 0; i  list1.size();i++){

int temp = list1.get(i);

for(int j = 0; j  list2.size();j++){

if(temp == list2.get(j)){

System.out.println("有相同的元素: " + temp);

}

}

}

}

}

序列比对空位罚分原理

序列比对(Sequence Alignment)是通过在序列中搜索--系列单个性状或性状模式来比较2个(双序列比对)或更多( 多重序列比对)序列的方法

按比对序列条数分类

双序列比对:两条序列的比对

多序列比对:三条或以上序列的比对

1.相似的序列可能具有相似的功能与结构

2.发现一个基因或蛋白哪些区域容易发生突变，哪些位点突变后对功能没有影响

3.发现生物进化方面的信息

空位为了获得两个序列最佳比对，必须使用空位和空位罚分

空位罚分分类:

空位开放罚分(Gap opening penalty)

空位扩展罚分(Gap extension penalty)

最优的序列比对通常具有以下两下特征:

尽可能多的匹配

尽可能少的空位

插入任意多的空位会产生较高的分数，但找到的并不一定是真正相似序列

Wx=g+r(x-1)

Wx:空位总计分

g: 空位开放罚分（Gap Opening Penalty）

r: 空位扩展罚分（Gap Extension Penalty）

x: 空位长度

默认gap开头罚分高，gap延长罚分低，这样得出的结果gap很集中，有很多长串出现的gap，这可以比对两条很相似的序列–同源序列；相反，如果gap开头罚分少，gap延长罚分高，比对结果gap就比较分散，极少出现连续长串的gap（可以想象其中的原因，总是要保证得分高），这可以比对两条绝大部分序列都很相似，但其中一条的一个功能区在另一条序列中是缺失的两条序列，可以找出这个功能区。