r语言go分析x轴 r语言做go富集

R语言如何修改坐标轴

用最基础的axis()函数，假设横轴是5月的每一天，纵轴是每天的销售量从0到100

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首先你把横轴纵轴要打的东西分别放在2个向量month和sales

month-paste(5,1:31,sep="/")

sales-sample(100,31) #我随机从1到100里抽31个数

然后你把plot(1:31,sales,xaxt="n",xlab="Each day")打出来 xaxt="n"就是先不显示x的刻度

下面跟

axis(1,labels=month,at=1:31,las=3) 1是你要对x轴作修改，labels就是你要打的内容，at就是你要多少个刻度(这里只能是1到31)，las是这些刻度的显示形式，3就是竖着

【R语言】解决GO富集分析绘图，标签重叠问题

前面我给大家详细介绍过

☞GO简介及GO富集结果解读

☞四种GO富集柱形图、气泡图解读

☞GO富集分析四种风格展示结果—柱形图，气泡图

☞KEGG富集分析—柱形图，气泡图，通路图

☞ DAVID GO和KEGG富集分析及结果可视化

也用视频给大家介绍过

☞ GO和KEGG富集分析视频讲解

最近有粉丝反映说，利用clusterProfiler这个包绘制GO富集分析气泡图和柱形图的时候，发现GO条目的名字都重叠在一起了。

气泡图

柱形图

这个图别说美观了，简直不忍直视。经过我的认真研究，发现跟R版本有关。前面我给大家展示的基本都是R 3.6.3做出来的图。很多粉丝可能用的都是最新版本的R 4.1.2。

我们知道R的版本在不停的更新，相应的R包也在不停的更新。我把绘制气泡图和柱形图相关的函数拿出来认真的研究了一下，终于发现的症结所在。

dotplot这个函数，多了个 label_format 参数

我们来看看这个参数究竟是干什么用的，看看参数说明

label_format :

a numeric value sets wrap length, alternatively a custom function to format axis labels. by default wraps names longer that 30 characters

原来这个参数默认值是30，当标签的长度大于30个字符就会被折叠，用多行来展示。既然问题找到了，我们就来调节一下这个参数，把他设置成100，让我们的标签可以一行展示。

是不是还是原来的配方，还是熟悉的味道

同样的柱形图，我们也能让他恢复原来的容貌。

关于如何使用R做GO和KEGG富集分析，可参考下文

GO和KEGG富集分析视频讲解

R语言x轴labels的角度

许多R 的高级图形自身就含有坐标轴,此外你可以用低级图形函数axis() 设置你自己的坐标轴.坐标轴主要包括三个部分：轴线（axis line）(线条格式由图形参数lty控制),刻度（tick mark）(划分轴线上的刻度) 和刻度标记（tick label）(标记刻度上的单位).这些部分可以通过下面的图形参数设置.lab=c(5, 7, 12) 前两个参数分别是x 和y 轴期望的刻度间隔数目.第三个参数刻度标记的字符长度（包括小数点）.这个参数设的太小会导致所有的标记变成一样的数字.las=1 刻度标记的方向.0 表示总是平行于坐标轴,1 表示总是水平,以及2 表示总是垂直于坐标轴.mgp=c(3, 1, 0) 三个坐标成分的位置.第一个参数是轴标签相对轴位置的距离,以文本行作为参照单位的.第二个参数表示刻度标记的距离,最后一个参数是轴位置到轴线的距离(常常是0).正值表示在图形外,负值表示在图形内.tck=0.01 刻度的长度,以画图区域大小的比率作为度量.当tck 比较小(小于0.5),x 和y 轴上的刻度强制大小一致.值为1时,给出网格线.负值时刻度在图形外.tck=0.01 和mgp=c(1,-1.5,0)表示内部刻度.xaxs="r"yaxs="i" 分别设定x 和y 轴的形式."i" (内在的) 和"r" (默认) 形式的刻度都适合数据的范围,但是"r" 形式的刻度会在刻度范围两边留一些空隙(S 还有一些在R 里面没有实现的刻度形式).

如何用R语言做如下要求的直方图：一个x轴，2个Y轴（如图所示）,数据如下：

先把数据读进成data

par(mfcol=c(2,1))

plot(y1~x, data=data,type="l",col="green")

plot(y2~x, data=data,type="l",col="red")

就行了吧

r语言如何将直方图x轴的组距

在绘制直方图时，大家可以使用hist(x)这个函数，其中x就是需要进行可视化的数据，当然这个函数还有一个参数就是freq，其默认设置是freq=NULL。当freq=FALSE时，其纵坐标是以概率的形式呈现，而freq=TRUE时则是频率作为纵坐标。另外参数breaks可以用来控制直方条之间的间隔，例如breaks=5就表示绘制出5个直方条。当然除此之外，hist()函数还有其它参数，大家可以使用?hist()来了解不同参数的作用及其使用方法。