资讯

精准传达 • 有效沟通

从品牌网站建设到网络营销策划,从策略到执行的一站式服务

Hi-CDataBrowser浏览器的示例分析

小编给大家分享一下Hi-C Data Browser浏览器的示例分析,相信大部分人都还不怎么了解,因此分享这篇文章给大家参考一下,希望大家阅读完这篇文章后大有收获,下面让我们一起去了解一下吧!

创新互联建站长期为成百上千客户提供的网站建设服务,团队从业经验10年,关注不同地域、不同群体,并针对不同对象提供差异化的产品和服务;打造开放共赢平台,与合作伙伴共同营造健康的互联网生态环境。为广西企业提供专业的成都做网站、成都网站建设,广西网站改版等技术服务。拥有10多年丰富建站经验和众多成功案例,为您定制开发。

Lieberman-Aiden等人利用Hi-C技术研究了人淋巴母细胞的三维结构,首次提出了A/B compartment的概念。

pubmed的链接如下

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2858594/

对于该文章中涉及到的hi-c数据,专门开发了一个网站用于检索和查看,网址如下

http://hic.umassmed.edu/heatmap/heatmap.php

通过顶部下拉框,选择不同的数据库进行查看,示意如下

Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

cell line用于选择细胞系,提供了K562和GM06690两种细胞系的数据,x-axisy-axis用于选择需要展示的染色体名称,Resolution指定分辨率,Data Type指定数据类型,是归一化之后的数据还是原始数据,或者是相关性的结果,Color Range指定颜色的映射范围,选择好数据之后,点击View窗口可以查看某两条染色体间的相互作用图谱。

通过这个功能,可以方便的比较不同观测值的hi-c图谱情况,1号染色质内部的互作图谱示意如下

Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

通过鼠标左键单击,选中某个交互矩阵的单元格,在右侧界面可以查看对应的两个bin之间的详细信息,示意如下

Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

也可以鼠标左键拖出一个矩形区域,通过zoom放大后进行查看, 或者输入基因组区域进行放大, 示意如下

Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

放大之后的效果如下所示

Hi-C Data Browser浏览器的示例分析

对应的交互矩阵可以通过Download按钮进行下载,通过该网站,可以对文章中的hi-c数据进行详细探究。

以上是“Hi-C Data Browser浏览器的示例分析”这篇文章的所有内容,感谢各位的阅读!相信大家都有了一定的了解,希望分享的内容对大家有所帮助,如果还想学习更多知识,欢迎关注创新互联行业资讯频道!


新闻标题:Hi-CDataBrowser浏览器的示例分析
URL地址:http://www.cdkjz.cn/article/ggsshi.html
多年建站经验

多一份参考,总有益处

联系快上网,免费获得专属《策划方案》及报价

咨询相关问题或预约面谈,可以通过以下方式与我们联系

大客户专线   成都:13518219792   座机:028-86922220