MethHC数据库怎么用

这篇文章给大家分享的是有关MethHC数据库怎么用的内容。小编觉得挺实用的，因此分享给大家做个参考，一起跟随小编过来看看吧。

成都创新互联服务项目包括乌拉特中网站建设、乌拉特中网站制作、乌拉特中网页制作以及乌拉特中网络营销策划等。多年来，我们专注于互联网行业，利用自身积累的技术优势、行业经验、深度合作伙伴关系等，向广大中小型企业、政府机构等提供互联网行业的解决方案，乌拉特中网站推广取得了明显的社会效益与经济效益。目前，我们服务的客户以成都为中心已经辐射到乌拉特中省份的部分城市，未来相信会继续扩大服务区域并继续获得客户的支持与信任！

在MethHC数据库中，提供了18种癌症相关的DNA甲基化，microRNA表达谱和基因表达谱的数据，这里的数据来源于TCGA数据库。同时采用线性回归的方法计算甲基化和表达谱数据之间的关联。

整个数据库包含的数据汇总如下：

相比其他的甲基化数据库，Meth有以下两个特点：

1. 数据来源于TCGA,同时包含了甲基化和基因表达谱以及microRNA表达谱的数据；

2. 将基因划分为8个区域，甲基化位点划分为5个区域,针对单个区域计算甲基化和表达谱数据之间的相关性

基因和甲基化区域的划分方式如下所示：

和其他数据库比较的结果

在Browse Top 250中，以单个基因为单位，查看该基因在癌症中的甲基化情况和表达量的情况

对于甲基化数据，其表达量采用beta值来衡量；对于基因表达谱数据，定量方式为RPKM;对于microRNA的表达谱，采用RPM定量方式；通过泊松相关系数计算甲基化数据和表达谱数据之间的相关性。

以SPDYE1为例，给出所有基因区域和甲基化区域的结果

对于每个区域，会给出以下三个结果

甲基化数据和表达谱数据表达量的相关性分析

甲基化数据和表达谱数据差异倍数的相关性分析

TCGA数据库中记录的基因的甲基化和RNA_seq 数据详细情况

MethHC还提供了基因检索Gene Search的功能，可以按照两种方式进行筛选

基因列表

KEGG通路

通过MethHC数据库，我们可以查看基因已有的甲基化和表达谱研究结果，也可以根据癌症类型，查看研究的较多的热点基因。

感谢各位的阅读！关于“MethHC数据库怎么用”这篇文章就分享到这里了，希望以上内容可以对大家有一定的帮助，让大家可以学到更多知识，如果觉得文章不错，可以把它分享出去让更多的人看到吧！