之前我在生信菜鸟团已经发布的:购买入门级服务器免费送Linux直播培训服务 ,提到了可以每个月花几块钱购置一款《1核2G服务器》标准品,既可以练习Linux命令,也可以打搭建一个博客:五分钟搞定你的个人博客,还可以做图床,或者隧道。然后浙大博士发掘了这个《1核2G服务器》的另外一个用途,分享给大家。以下是投稿缘由我们课题组有一份油菜的核心种质资源,前几年经重测序之后已经发表了。但是课题组后面很多的项目都基于这份核心种质资源,实验室成员常常需要检索分析某些基因的特定SNP,所以我在自学了一段时间的Shiny之后就尝试着搭建了一个Shiny app并利用Shiny-server部署在课题组的服务器上,但是由于我开发的这个Shiny app本来就打开比较慢,加上很多时候服务器负荷运行,导致Shiny app打开速度就更慢了,有的时候甚至加载时间过长直接打不开。恰巧我紧跟生信技能树推文更新,了解到可以搞个来部署Shiny应用。购买服务器一开始@思考问题的熊建议我利用RStudio的Shinyapp.io部署Shiny应用,看名字就知道这是RStudio专门开发的用于部署Shiny应用的一个服务器,有免费版也有企业版的,对于我来说免费版的就足够了,具体使用可以参考官方手册,我这里不讲,因为我的应用无法部署上去,我使用到的一个包genetics显示来源有问题,不兼容。具体就是这个包我是从CRAN安装的,但是利用rsconnect检测的时候显示genetics的来源是BioConductor,这就很尴尬了,Google发现很多用户都遇到个类似的问题,有的解决办法是从GitHub上安装绕过了这个问题,genetics好像不能通过GitHub安装,所以没办法只能弃之,自己购买一个云服务器进行部署。服务器产商很多,国外的AWS我也尝试注册过,它提供为期一年的免费试用,但是注册激活的时候需要填信用卡信息,我没有,只能放弃,转向国内的云服务器。国内的服务器主要有aliyun、腾讯云Tencent Cloud以及华为云HUAWEI CLOUD等,生信技能树也专门写了推文介绍,有需要的朋友关注生信技能树看推文哈!我最后选了阿里云,先进入阿里云,注册登录,然后学生认证。我直接购买了一年的学生套餐,瞄了一眼,发现还能领个20元的优惠券:最后94元就买一年的最低配(1核2G,1M带框,40G云盘)的服务器,我主要是用来部署服务器,所以容易足够了。地域选择的话我选了华东(杭州),我不记得在哪看了篇博客,里面测试发现不同区域之间差别不大,所以我也没纠结,就选了所在城市地域。系统我就选了Ubuntu16.04 64位(好像只有这一个Ubuntu版本可选)购买之后进入控制台,里面有云服务器的详细信息,对我最有用的话就是有个公网IP了,这样我的Shiny app全世界都能访问了!配置服务器有了云服务器就能各种折腾了,我已经折腾过好几台服务器了,所以比较顺利就安装配置好了部署环境,新手的话参考生信技能树的帖子:如果有一个新的服务器你会做什么?,基本能顺利地走通。我这里就只讲一下安装Shiny-server,默认你已经安装了R语言以及Shiny包:首先进入官网下载,里面有详细的安装方法:sudo apt-get install gdebi-corewget https://www.cdcxhl.com/ gdebi shiny-server-1.5.14.948-amd64.deb安装好之后,会自动创建shiny用户。需要注意的是,你购买的云服务器你进去之后实际上是root用户登录的,我一开始部署的时候由于安装的包都是root用户安装的,所以就修改了配置问题,用root用户运行Shiny-server,开始的时候运行正常,后面突然莫名其妙就运行不了,所以我最后不得不将所有R包都删了,然后以shiny用户登录。shiny用户登录好之后,我先进行了一下设置,主要是R语言以及shiny-server设置:# vi .RprofileSys.setenv(LANG="en_US.UTF-8")options=(repo = c(CRAN = "https://www.cdcxhl.com/ vi .RenvironR_LIBS=/home/shiny/R_Library然后shiny-server配置文件如下:# Instruct Shiny Server to run applications as the user "shiny"preserve_logs true;sanitize_errors false;run_as shiny;# Define a server that listens on port 3838server { listen 3838; # Define a location at the base URL location / { # Host the directory of Shiny Apps stored in this directory site_dir /srv/shiny-server; # Log all Shiny output to files in this directory log_dir /var/log/shiny-server; # When a user visits the base URL rather than a particular application, # an index of the applications available in this directory will be shown. directory_index on; }}然后就是安装各种需要用到的R包了,这里不讲,网上教程太多了,ubuntu学徒安装R包失败可以肯定的是遇到各种依赖缺失的问题,这个时候就Google或者百度了,缺啥补啥!需要注意的是,由于我购买的是最低配的服务器,所以有些需要编译的R包有时候会由于内存不足,编译安装失败,这个时候我的建议是多安装几次,总会成功的!所有准备环境准备好了之后,就可以将Shiny app文件上传到/srv/shiny-server目录里面,可能需要修改目录所属权限:sudo chown -R shiny:shiny shiny-server剩下就差最后最后一步了,云服务器多了个安全组,需要进入控制台进行设置:(左边侧栏)网络与安全-安全组,进入之后手动添加开通3838端口就行了。此时浏览器打开 https://www.cdcxhl.com/ 就可以看到自己部署的应用了!我这次部署了两个应用 https://www.cdcxhl.com/ 和 https://www.cdcxhl.com/ ,目前运行良好,打开速度也还行!以上是我这次云服务器部署shiny app的经验,由于一开始没打算记录下来,现在信息大爆炸时代,技术分享实在太多了,但是@jimmy说每个人的故事都不一样,所以我就事后回忆记录一下,如果能帮助到其他人就最好了!限于本人能力,里面肯定有很多不足的地方。文末友情推荐要想真正入门生物信息学建议务必购买全套书籍,一点一滴攻克计算机基础知识,书单在:什么,生信入门全套书籍仅需160 。如果大家没有时间自行慢慢摸索着学习,可以考虑我们生信技能树官方举办的学习班:数据挖掘学习班第5期(线上直播3周,马拉松式陪伴,带你入门),原价4800的数据挖掘全套课程, 疫情期间半价即可抢购。生信爆款入门-第7期(线上直播4周,马拉松式陪伴,带你入门),原价9600的生信入门全套课程,疫情期间3.3折即可抢购。如果你课题涉及到转录组,欢迎添加一对一客服:详见:你还在花三五万做一个单细胞转录组吗?
成都创新互联是一家从事企业网站建设、网站设计、成都做网站、行业门户网站建设、网页设计制作的专业网站设计公司,拥有经验丰富的网站建设工程师和网页设计人员,具备各种规模与类型网站建设的实力,在网站建设领域树立了自己独特的设计风格。自公司成立以来曾独立设计制作的站点1000+。
当前题目:把你的shiny网页工具部署在云服务器
新闻来源:
http://www.cdkjz.cn/article/cccgoj.html